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EduKnoppix contiene un sistema operativo GNU/Linux ossia un sistema ottenuto aggregando il kernel Linux ideato da Linus Torvalds nel 1991 con i programmi elaborati, a partire dal 1984, dal progetto gnu di Richard Stallmann.

Il sistema operativo Linux è caratterizzato da una architettura modulare che garantisce efficienza e stabilità al sistema; inoltre, essendo nato come clone di Unix, esso risulta particolarmente adatto alla gestione di reti e di ambienti multiutente. Il fatto che Linux venga rilasciato con il codice sorgente aperto facilita enormemente il processo di correzione degli errori (debugging) del software in esso contenuto, con un conseguente aumento della sicurezza e dell'affidabilità globale del sistema.

EduKnoppix utilizza, di default, un'interfaccia grafica a finestre di tipo KDE (K desktop environment) molto simile a quella utilizzata da altri sistemi operativi proprietari come win e mac. Per questo motivo anche l'utilizzatore che proviene dall'uso di questi sitemi operativi a interfaccia grafica, non dovrebbe incontrare difficoltà particolari nell'uso di Linux.

In eduKnoppix sono tuttavia contenute altre interfacce grafiche (Xfce, Icewm ...) ciascuna delle quali ha la propria peculiarità, che la rende più o meno adatta in situazioni diverse. Ad esempio su computer con poche risorse di memoria ram un'interfaccia grafica Xfce avrà una resa in velocità ben maggiore di KDE.