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EduKnoppix contiene un sistema operativo GNU/Linux completo, ossia un sistema ottenuto originariamente aggregando il kernel Linux, ideato da Linus Torvalds nel 1991, con i programmi elaborati a partire dal 1984 all'interno del progetto GNU di Richard Stallmann. Il sistema operativo GNU/Linux è caratterizzato da un'architettura modulare ed essendo nato come clone del sistema operativo Unix risulta particolarmente adatto alla gestione di reti e di ambienti multiutente. Il fatto che GNU/Linux venga poi rilasciato con il codice sorgente aperto facilita enormemente il processo di correzione di errori (debugging) dei programmi in esso contenuti, con un conseguente aumento della sicurezza e dell'affidabilità del sistema nel suo complesso.
EduKnoppix utilizza, di default, un'interfaccia grafica a finestre di tipo KDE molto simile a quella utilizzata da altri sistemi operativi proprietari come MS-Windows e Mac/OS. Per questo motivo anche l'utilizzatore che proviene dall'uso di questi sistemi operativi, non dovrebbe incontrare difficoltà particolari nell'uso di GNU/Linux. In eduKnoppix sono tuttavia contenute altre interfacce grafiche (Xfce, Icewm ...) ciascuna delle quali ha la propria peculiarità, che la rende più o meno adatta in situazioni diverse. Ad esempio, su computer con poche risorse a livello di memoria, un'interfaccia grafica Xfce avrà una resa in velocità ben maggiore di KDE. La scelta dell'interfaccia KDE come predefinita in EduKnoppix è stata dattata, non da ultimo, dal desiderio di porre l'utilizzatore nelle condizioni di superare gli esami previsti per la certificazione ECDL libera.
Per la certificazione open-ECDL è stata infatti scelta l'interfaccia grafica KDE, probabilmente per ragioni di semplicità e completezza, e sull'uso di quest'ultima vertono i quesiti d'esame per il modulo 2.
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